设置VPS服务器时，更重要的问题是选择哪个操作系统。从表面上看，这似乎是在Linux或Windows之间的进行简单二选一即可。然而，却复杂得多，因为Linux以多种发行版的形式出现，每一个发行版本都与Linux操作系统的工作方式略有不同。应选择哪个操作系统的VPS服务器呢？
先看看微软的Windows服务器。就操作系统而言，微软在个人电脑市场占有最大的份额，大多数电脑都有Windows系统。许多学校和办公室都选择使用Windows系统，因此，它成为了一个家喻户晓的操作系统。Windows的服务器版本更类似，因此对于许多人来说，它与Linux相比最大的优点之一就是它学习曲线非常低，可以很容易配置。
尽管Windows在桌面上很熟悉也很受欢迎，但在主机方面，Windows主机占有率却比较少。如果需要运行的站点是用ASP、ASP.net编码的，或者需要MSSQL数据库来满足网站托管的需求，则Linux可以执行相同的任务，并且通常可以以略低的系统资源需求完成这些任务。Windows每月还需要支付一笔许可费，这使得运行Windows服务器比Linux的成本更高。
而另一方面，Linux在桌面操作系统市场上只占有很小的比例，而在主机市场上占据了大部分份额。Linux有各种各样的发行版本，这可能会让初学者很困惑。Linux是指操作系统的内核或核心，是软件和硬件之间的接口。Linux发行版由Linux内核和要与之一起使用的一系列软件捆绑而成。开发不同的发行版本的原因是，不同的人群在使用计算机时有不同的目标，发行版可能要求使用不同的预装软件集来安装Linux。在操作系统的配置方式上也常常存在差异。
Linux发行版所带来的一个优势是，发行版中通常包含各种各样的软件。软件通常是从存储库（从概念上讲有点像应用商店）安装的，在存储库中，软件由发布后的团队成员管理和维护，以确保所有软件都能正常工作。从存储库安装的软件将在Linux发行版的支持生命周期内获得安全更新，但不会升级到较新的版本，以确保不会发生任何中断，这些更新可以自动安装。
Linux的缺点是，它的配置是在基于文本的命令行中完成的，这对于任何在九十年代中期之前开始使用计算机的人来说都是一种模糊又熟悉的概念。对于那些习惯于用鼠标在图形界面上控制一切的新用户来说，这可能是一个相当大的障碍，因为命令行缺乏通过单击菜单和选项来学习软件工作方式的一般提示。另一方面，互联网上有很多关于在服务器上执行许多任务的指南和教程。为了使配置Linux服务器更容易，已经发布了许多网络控制面板，其中一些是免费的，而另一些则需要每月支付一笔许可费。
那么应该选择哪一个呢？如果想使用一些熟悉的学习曲线最小的操作系统，也不在乎这笔许可费，那么选择Windows系统。如果预算很紧，并且宁愿将许可费用投入到更强大的服务器上，那么带有控制面板的Linux主机将是一个很好的操作系统。如果对界面和学习曲线没有太多要求，那么Linux主机是个理想的选择。